Die Kirche zu Höft, die der Hl. Margarethe geweiht ist, wurde im Jahr 1565 zum ersten Mal urkundlich erwähnt. Damals, am 8. März, verkaufte Wolfgang II. zu Heft den Edelsitz mit den beiden Meierhöfen sowie der Kapelle an Achaz den Innerseer.
Ursprünglich war die Kirche gotisch. Im 17. Jahrhundert wurde sie barockisiert. Beim Brand von Höft, im Jahr 1620, dürfte die Kirche nicht zu Schaden gekommen sein.
In den Jahren 1684 und 1685 erfolgte eine größere Renovierung. Der gut erhaltene frühbarocke Altar ist laut aufgemalter Jahreszahl 1643 entstanden und befand sich früher in der Pfarrkirche Aistersheim.
1746 wurde er um 110 Gulden an die St. Margarethen-Kapelle in Höft verkauft. Da er für das Kirchlein aber zu groß gewesen wäre, wurde er vom Hoftischler Dörschl verkleinert. In dieser verkleinerten Form steht der Altar noch heute in der Kirche.
Die Kanzel stammt aus der Zeit um 1730. Im rechten Presbyteriumfenster sind zwei kleine Wappenglasgemälde mit der Jahreszahl 1648 zu sehen. Es sind dies die Wappen der Maria Magdalena von Hohenfeld auf Aistersheim. Die Vogteiherrschaft über die Kirche hatte bis 1850 nämlich die Grundherrschaft Aistersheim inne. In der Kirche befindet sich ein sogenanntes Fünf-Wunden-Kreuz, ein Denkmal des frommen Volksglaubens und der Volkskunst. 1894 wurde es von einem völlig verarmten Bäcker, der damals bereits 80 Jahre alt war und von Almosen der Dorfbewohner lebte, geschnitzt. Rein symbolisch sind Hände, Füße und das Herz ans Kreuz geheftet, das durch reiches Ornament in seinem Ernst gemildert wird. Nur die ausgestreckten Finger weisen mahnend nach oben. Das Kreuz ist ein Andachtskreuz, das ganz der Erinnerung an den Tod des Heilands geweiht ist und etwa dem schmerzhaften Rosenkranz entspricht.